新疆大学办公室是学校党委的重要办事机构和综合职能部门，下设机要保密科、秘书科、督查信息室、行政科、综合联络科、校友会办公室6个科室。办公室的主要职能是：围绕学校中心工作，积极发挥学校领导的参谋助手、学校的信息枢纽、部门的综合协调、决策的督促检查等作用，服务领导、服务基层、服务师生，承上启下、联系左右、沟通内外，做好管理和服务等相关工作。